Am 29. Mai 1937 in Lichtenegg geboren, hatte Kothgasser nach dem Ordenseintritt bei den Salesianern in Turin und Rom studiert. 1964 wurde er zum Priester geweiht. Von 1982 bis 1997 war er Professor für Dogmatik und zweimal Rektor an der Philosophisch-Theologischen Hochschule Benediktbeuern in Bayern.
Papst Johannes Paul II. (1978-2005) ernannte ihn 1997 zum Innsbrucker Bischof.
Am 23. November 2002 wurde Alois Kothgasser als Nachfolger von Georg Eder zum Erzbischof von Salzburg gewählt und trat sein am Amt am
10. Jänner 2003 an.
Am 18. April 2012 reichte Erzbischof Kothgasser aufgrund seines fortgeschrittenen Alters seinen Rücktritt ein und bat darum, seine Amtszeit nicht zu verlängern. Papst Franziskus akzeptierte am 4. November 2013 seinen Rücktritt und ernannte ihn gleichzeitig zum Apostolischen Administrator der Erzdiözese Salzburg.
Dr. Alois Kothgasser war seiner Heimatgemeinde stets verbunden und verbrachte jedes Jahr eine Woche seines Urlaubs in St. Stefan, um Verwandte, Bekannte und hilfsbedürftige Menschen zu besuchen. Am 20. Oktober 1997 wurde ihm die Ehrenbürgerschaft der Marktgemeinde verliehen.
Der 86-jährige Erzbischof verstarb am Donnerstagabend, dem 22. Februar in seiner Wohnung im Priesterseminar in Salzburg.
Die Marktgemeinde St. Stefan im Rosental wird ihm ein ehrendes Andenken bewahren.
